متحف التمساح من المتاحف النوعية الهامة في محافظة أسوان ، ويقع متحف التمساح أمام معبد كوم امبو الذي كان مكرساً لعبادة الإله سوبك الذي يتخذ هيئة التمساح،يعتبر متحف التمساح أكبر متحف يخصص لحيوان واحد فقط.
و تم افتتاح متحف التمساح للزيارة في 31 يناير 2012 ،ويضم المتحف نموذجاً لمقبرة تماسيح، وعدداً كبيراً من مومياوات التماسيح مختلفة الأعمار والأطوال، حيث يضم 22 تمساحا من 50 تمساحا سبق العثور عليها بالمنطقة القريبة من المعبد ، بالإضافة إلى توابيت استخدمت لتحوي مومياوات هذا الحيوان المقدس، كما يحتوي المتحف على مجموعة من القطع الأثرية التي تمثل الإله سوبك، وبعض اللوحات النذرية، ولوحات تصور تقديم القرابين لسوبك.
ويستعرض المتحف عدداً من مظاهر عبادة سوبك وما اتصل بها من تحنيط التماسيح وغيرها من الطقوس ، حيث كانت عبادة الإله (سوبك) أو التمساح الذي صوره المصري القديم على هيئة إنسان برأس تمساح انتشرت في منطقة كوم أمبو وبنى له معبدا قرب شاطئ النهر وهو المعبد المزدوج للإله حورس معبود ادفو والإله سوبك معبود كوم امبو.
و عند وفاة التمساح بطريقة طبيعية أو حتى عند قتله يعامل على أنه حيوان مبجل فتقام له طقوس التحنيط كاملة ويدفن في جبانة خاصة وتدفن معه قرابين تخصه من أوان فخارية مملوءة بالطعام وغيرها، وكان الدفن يجري في شرق النيل بمنطقة من الطين الجاف في مجرات خاصة لها قبو تغطى بسعف النخل ويلف بعد التحنيط بلفائف من الكتان.
وتعظيما لشأن التمساح كانت عيونه تطعم بعيون صناعية حتى يصبح مرهوب الشكل قبل الدفن وبعضها كان يوضع في مقاصير من الخشب الملون .
